Если решение таможенного органа или его должност­ного лица по первоначальной жалобе не удовлетворяет заявителя, то в этом случае он обладает правом на вто­ричное обжалование. Закон устанавливает различную под­ведомственность вторичного обжалования в зависимости от его существа.

Так, вторичные жалобы на решения, действия или без­действие таможенных органов и их должностных лиц, свя­занные с проведением таможенного контроля, производ­ством таможенного оформления, ведением производства по делам о нарушении таможенных правил и их рассмот­рением, а также по другим не затрагивающим экономи­ческой политики государства вопросам подаются в район­ные (городские) суды по месту нахождения таможенного органа либо по месту работы должностного лица тамо­женного органа, чьи решения, действия или бездействие обжалуются. Срок подачи вторичных жалоб - один месяц со дня получения письменного уведомления вышестоящего таможенного органа об отказе в удовлетворении жало­бы либо со дня истечения месячного срока со дня подачи жалобы при неполучении письменного ответа. Рассмотре­ние таких жалоб осуществляется в соответствии с прави­лами гражданского судопроизводства, регламентирован­ными нормами ГПК РСФСР и в порядке, определенном Законом РФ «Об обжаловании в суд действий и решений, нарушающих права и свободы граждан».

Вторичные жалобы от предприятий, учреждений, орга­низаций и граждан, занимающихся предпринимательс­кой деятельностью без образования юридического лица,  подаются в арбитражные суды. Порядок предъявления подобных исков к таможенным органам и порядок их рас­смотрения подробно урегулирован арбитражным процес­суальным законодательством Российской Федерации.

Вторичные жалобы на нормативные акты ГТК России, адресованные неопределенному кругу лиц, а также жало­бы на правоприменительную практику в деятельности таможенных органов, затрагивающую экономическую политику страны, подаются в Конституционный суд РФ. Порядок рассмотрения таких жалоб установлен Федераль­ным конституционным законом РФ от 21 июля 1994 г. «О Конституционном суде Российской Федерации».

Иные вторичные жалобы на решения, действия или бездействие таможенных органов и их должностных лиц, т. е. жалобы, не подведомственные судам общей юрис­дикции, арбитражным судам и Конституционному суду РФ, могут быть поданы Генеральному прокурору РФ.